萌宝战警在一次穿越虫洞的意外中，不幸坠落到了未来的地球。眼前的景象令他们震惊，整个世界已被浩瀚的海水吞没，幸存的人类被迫迁移至海底建立新的家园。在这片被汪洋覆盖的废土之上，生存环境变得异常严峻，昔日的陆地文明已成历史。
危机的源头来自地心深处，神秘的生物通过传说中的“归墟”大举入侵海洋。这些异类四处散播致命病毒，疯狂破坏着脆弱的海底生态平衡，将人类推向灭绝的边缘。更令人意想不到的是，原本熟悉的对手铁算盘竟选择与这些地心生物联手，共同对付守护海洋的正义力量。
面对内外交困的绝境，萌宝战警毅然承担起拯救地球的重任。豆丁、可乐、可诺和石头四位小英雄冒险潜入未知的深海，誓要找到灾难的源头“归墟”。他们将在幽暗的海底世界中，与铁算盘及地心生物展开一场惊心动魄的激烈战斗，只为夺回人类赖以生存的家园。
